1960年1月1日出生于东京。14岁即开始用8毫米摄像机拍电影。日本大学艺术系美术学科期间，曾自组剧团，身兼编剧、导演、演员等职。毕业后，在电视广告制作公司任职四年后辞职。1985年，组建“海兽剧团”，从事戏剧演出活动，同时亦自拍摄电影。1987年的8毫米影片《电线杆小子的冒险》在匹亚电影节（PFF）获得金奖。1989年，首次拍摄影院电影《铁男》（16毫米）。其超快速的画面和声音、给观众以压迫感、手法独特的电影，不仅吸引了海内外众多的影迷、评论家、也获得不少海外影像作家的好评。此后，定期有作品问世。其独揽制作、导演、编剧、表演、摄影、灯光、剪辑、美术为一身的独立制作手法，成为日本电影界独具异彩的一枝奇葩。
获奖记录
威尼斯国际电影节
- 2018第75届威尼斯国际电影节主竞赛单元-金狮奖斩（提名）
- 2011第68届威尼斯国际电影节地平线单元奖琴子（获奖）
- 2009第66届威尼斯国际电影节主竞赛单元-金狮奖铁男3：子弹人（提名）
- 2002第59届威尼斯国际电影节圣马可评审团特别奖（获奖）
- 2002第59届威尼斯国际电影节主竞赛单元-金狮奖（获奖）
洛迦诺国际电影节
- 1995第48届洛迦诺国际电影节主竞赛单元-金豹奖东京铁拳（提名）
釜山国际电影节
亚洲电影大奖
- 2019第13届亚洲电影大奖最佳男配角奖斩（提名）
- 2019第13届亚洲电影大奖最佳剪辑奖斩（获奖）
- 2015第9届亚洲电影大奖最佳导演奖野火（提名）
日本电影专业大奖
- 2016第25届日本电影专业大奖最佳导演奖野火（获奖）
日本电影旬报奖
- 2016第89届日本电影旬报奖十佳影片奖野火（获奖）
冢本晋也是一位御宅族，金属、变形、怪物，色情、暴力等等元素成为了他影片的重要元素。
在《生死攸关》片中，冢本晋也超现实视觉的表现手段，是服务于现实的。湍急的凌厉影像、凝重冰冷的氛围、被视觉化了的大脑幻象，见证了冢本晋也的独特价值。他在影片中引进舞蹈的动态之美，颇给人眼前一亮的感觉。
冢本晋也的风格特立独行，他经常自筹资金，独揽制作、集导演、编剧、表演、摄影、灯光、剪辑、美术于一身。因此他的作品有非常强烈的个人风格，快速剪辑、给观众压迫感的画面，常常有人体异化、幻想梦魇等内容。